El iniciador del movimiento militar que se propuso el restablecimiento al orden constitucional y el retorno al poder del profesor Bosch, derrocado por un golpe militar el 25 de septiembre de 1963, el coronel Rafael Tomás Fernández Domínguez, nació el 18 de septiembre de 1934 en la sección Damajagua, municipio de Esperanza, hijo del general Ludovino Fernández Malagón y de la señora Gloria Erminda Domínguez Cruz.
Se graduó de bachiller en Ciencias Físicas y Matemáticas el 27 de diciembre de 1952 e ingresó en la Universidad de Santo Domingo para estudiar ingeniería, carrera que no concluyó pues ingresó al Ejército Nacional como raso y luego pasó a cadete de la Academia Militar.
En septiembre de 1955 fue ascendido a segundo teniente del Ejército Nacional y poco después contrajo matrimonio con la señora Alma Arlette Fernández, con quien procreó cinco hijos. Del Ejército Nacional fue transferido a las filas de tal Fuerza Aérea Dominicana; allí cursó otros estudios militares, obteniendo las mejores notas. En febrero de 1957 tomó un curso militar en Fort Clayton, Zona del Canal de Panamá. En noviembre de 1962 hizo el curso de Comando y Estado Mayor, en Fort Gulick, de la zona mencionada. En 1961 desempeñó el cargo de jefe de la Base Aérea de San Isidro, con el rango de capitán.
El 18 de enero de 1962, con el rango de mayor de la Fuerza Aérea Dominicana (FAD), Fernández Domínguez liberó a los miembros del Consejo de Estado, detenidos por órdenes del ex general Pedro Rafael Ramón Rodríguez Echevarría, quien intentó un golpe militar. Fue ascendido entonces a teniente coronel, y nombrado subjefe de la Fuerza Aérea. Poco después fue trasladado al Ejército Nacional y enviado a Panamá a realizar un curso de Comando y Estado Mayor. Este traslado y el viaje obedecieron a discrepancias con sus superiores, a quienes señalaba como violadores de los reglamentos militares.
Cuando en la madrugada del 25 de septiembre de 1963 fue derribado el gobierno constitucional y democrático del profesor Bosch, Fernández Domínguez dirigió una nota al presidente depuesto donde le informaba que tenía a su disposición varios hombres dispuestos a encabezar una acción para restituirle en el mando, propuesta que no fue aceptada.
El 21 de octubre de 1963 bajo sospecha del gobierno golpista de Reid Cabral fue nombrado Agregado Militar en España. Ese nombramiento constituyó una virtual deportación, pues los servicios de inteligencia del ejército habían reportado a Reid Cabral, que Fernández Domínguez estaba organizando un movimiento en los cuarteles con el propósito de restablecer el ordenamiento constitucional derribado en 1963.
Pero de nada valió este exilio forzado pues desde el exterior Fernández Domínguez continuó en ese esfuerzo y en diciembre de 1964 logró un permiso para permanecer en su país antes de dirigirse a Chile, donde había sido trasladado, logrando hacer contactos con los principales dirigentes del movimiento conspirativo que venía preparando contra el Triunvirato, al cual incorporó a otros oficiales, como el coronel Francisco Alberto Caamaño Deñó y al hacer escala en San Juan, Puerto Rico en su viaje a Chile, se entrevistó con el profesor Bosch.
Sobre la trascendencia histórica del movimiento que lideraba en aquellos días, escribió a uno de los oficiales comprometidos en sus planes que “la problemática dominicana es bien clara, todo descansará dentro de poco tiempo en la joven oficialidad, la cual deberá ser reconquistada por nosotros, por todos los medios”.
Su virtual exilio, ahora en Santiago de Chile, transcurrió entre contactos con personas comprometidas en la conspiración, intercambio de correspondencias y preparativos para su regreso, para encabezar el movimiento en el país. Pero en Chile recibió la noticia del levantamiento militar que estalló precipitadamente el 24 de abril de 1965. Inmediatamente tomó un avión vía Puerto Rico, para reunirse con el profesor Bosch y regresar a su patria, propósito que no pudo cumplir inmediatamente pues el aeropuerto fue ocupado y cerrado por tropas opuestas al movimiento insurreccional.
El coronel Fernández Domínguez fue nombrado Ministro del Interior y Policía en el gabinete designado por el gobierno constitucionalista del coronel Caamaño Deñó y después de varios intentos de entrada al país por vía aérea y marítima, logró regresar el 14 de mayo de 1965, mientras se realizaban negociaciones entre el gobierno encabezado por el coronel Francisco Alberto Caamaño Deñó, representantes norteamericanos y de la OEA.
Tomo posesión de su cargo de Ministro de Interior el mismo día de su llegada, pero el 19 de mayo del mismo año murió acribillado a tiros en un encuentro con tropas norteamericanas mientras dirigía un asalto al Palacio Nacional, ocupado también por tropas del llamado Gobierno de Reconstrucción Nacional.